В увлекательном мультике рассказывается о похождениях четырех отважных супергероев. В далеком прошлом четыре самых обычных рептилии превратились в черепашек-ниндзя в результате случайной утечки мутагена. Так для них началась новая жизнь. Вскоре они находят убежище в канализационной системе Нью-Йорка. А наставником главных героев становится мудрый Сплинтер. Именно он обучает черепашек нескольким эффективным боевым искусствам. Учитель относится к своим подопечным с любовью, однако он не делает им никаких поблажек. Каждый из товарищей владеет своим определенным видом оружия и техникой рукопашного боя. Между тем два злодея Крейг и Шредер собираются поработить все человечество. Однако каждый раз их планам не дают осуществиться смелые черепашки-ниндзя. В последний момент они в очередной раз наносят чувствительное поражение своим коварным противникам. Главным героям приходится встречаться лицом к лицу и с другими злодеями. Но у безумцев и хитроумных криминальных авторитетов нет ни единого шанса в противостоянии со слаженной компанией черепашек-мутантов. При этом за своей тяжелой работой они не забывают и о развлечениях. В свободное время супергерои частенько устраивают веселые вечеринки.